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Perl and Genes

Bioinformaticsの課題、明日提出予定。
BLASTを使って
ある生き物のたんぱく質の配列全部をQueryにして
親戚の生物のたんぱく質の配列全部をデータベースにして
Alignできるたんぱく質を特定。
でてきたBLASTのファイルをPerlをつかっていじくるというもの。

プログラミングはじめてなのだが、
同じ課題に取り組んでいても
どのような構造で問題を解くかというのが
人々の個性が出ていておもしろい。

あとは、手作業だったら寝ないで数日はかかろうかというものが
瞬間にできてしまうのも何だか不思議だ。

たぶんこのクラスが終われば再びプログラミングなどする
機会は無いだろうと思うとちょっと寂しい気がする。
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RNA work again?

Gosh!
I couldn't recover the RNA pellet! Damnn!
Do I have to repeat? Yes.
I hate optimizing forever the unestablished method.
Just get rid of GITC and then putting phenol?
I don't want to inhale phenol in a cold room + I would have to stay late for doing APC for all of the fraction. That is not a trivial task, mannn!

ねずみ

また今日も鼠の脳みそ潰して臭くなった。
うむ、CystでInfectしてもあまりかわらないねぇ。
死にすぎだよ。40匹いて15匹した生き延びなかった。
なんとか良い方法が無いもんかねぇ。
一匹あたり3500個か。
前は10、000個とれたのに。

fusion・RNA

そろそろFusionですかねぇ。
はやくやりませう。
ボスからそろそろPushされぎみ。

RNAはRVCもいれてRVC無しでUVトレースとって
Polysome peakとMonosome peakわけることに。

Fraction collector
瞬間接着剤でこわれた部品ちゃんとつながったかな?
試運転しなくちゃ。

RNA work

Gosh!
ぜんぜんHeparinもGITCもGlycogenも大丈夫じゃん。
ちゃんとcDNAができた。
何かに阻害されている分けではないらしい。
やはりTrizolのほうが1%TritonX100Bufferよりかなり
たくさんRNAがとれる。
はじめっからTrizolつかえたら何も苦労ないのに、、、。
LysisしてからSucrose GradientでCentrifugeされて
ポンプで吸われてUVで計られてFractionatorでぽちぽちされてから
やっとDenatureされるんだから、
カマキリとバッタを同じかごに入れて大陸横断するようなものだろう。

え~、RVCつかうんですか、、、。
黒いからUVでトレースできないじゃん。
また分けの分からないPhaseができたらほんとうっとおしいし。

1。RVCつかってもcDNAができるか
2。RVCつかるとRNAのIntegrityがもっと保たれるか

その二つを早急にやるべきです。
今日はMOI=8で5枚Infectして明日の準備ですね。
もうはやくRNA終わらせてmAbのスクリーニングやりたいよ。

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